Le quatrième principe fondamental de la politique de recherche de l’ISAE est sa logique de partenariat propre à développer une couverture large des domaines nécessaires à la formation et la recherche du secteur aéronautique et spatial.
Il est clair que la taille de l’institut ne lui permet pas de développer en son sein tous les axes de recherche des différents domaines scientifiques intéressant son secteur de prédilection. Ce n’est d’ailleurs pas souhaitable car cette caractéristique contribue à assurer la nécessité du lien souhaité avec le milieu de la recherche et de l’économie.
Pour offrir un environnement de recherche complet, la logique est donc de construire des partenariats respectant les trois premiers principes de la politique de recherche de l’ISAE.
Dans le domaine aéronautique et spatial, le partenaire stratégique de l’ISAE est l’ONERA.
Les deux établissements sont en effet particulièrement complémentaires. Ils exercent tous les deux leur mission principalement dans le secteur aéronautique et spatial. Ils ont tous les deux la même tutelle. Cette tutelle confie à l’ISAE une mission principale de formation et une mission de recherche qui lui est liée. Elle confie à l’ONERA une mission principale de recherche et des missions d’études et de formation qui lui sont liées. L’ISAE offre à l’ONERA une relation privilégiée avec le monde académique et avec le pilotage de la formation doctorale. L’ONERA offre à l’ISAE la largeur de son spectre de recherche. En s’associant, les deux partenaires s’enrichissent de leurs propres environnements de recherche. Ce partenariat respecte les principes fondamentaux de la politique scientifique des deux organismes. Il se traduit par une association au sein de plusieurs équipes d’accueil doctoral thématiques. Les deux partenaires s’obligent à la transparence sur leurs orientations et à une offre systématique de collaboration dans le respect de leurs objectifs ; ils s’autorisent à établir chacun des relations partenariales avec d’autres organismes.
Dans le domaine des architectures de réseaux de communication, l’autre partenaire majeur de recherche de l’ISAE est le LAAS-CNRS.
Ce partenariat fait l’objet d’une convention de collaboration, au sein de laquelle des enseignants-chercheurs de l’ISAE sont chercheurs membres ou chercheurs associés du LAAS-CNRS et des chercheurs du LAAS-CNRS sont chercheurs partenaires de l’ISAE.
Dans le domaine de la mécanique des structures et matériaux, la logique de partenariat de l’ISAE est l’IGM
(Institut de Génie Mécanique), formé avec le LGMT de l’UPS et de l’INSA et le CROMEP de l’Ecole des Mines d’Albi. Cet institut, né en 1999 entre SUPAERO, l’ENSICA et les deux partenaires cités, structure la recherche en mécanique des structures en Région Midi-Pyrénées. Passé par différentes phases de construction progressive, cette structure fédérative est engagé dans un processus de transformation en laboratoire regroupé sur le plan organisationnel dès 2009 et géographique à l’horizon 2011. Comme dans le cadre de ses autres partenariats, l’ISAE y préservera ses spécificités tout en développant ses recherches en synergie avec ses partenaires.
Dans le domaine des télécommunications spatiales, l’ISAE est membre du laboratoire coopératif TeSA
(association de loi 1901) avec ses partenaires académiques IRIT (CNRS, UPS, INPT, UT1), ENAC et ENST et ses partenaires industriels et institutionnels DGAC, CNES, Thalès Alenia Space et Rockwell-Collins.
Dans le respect de ces partenariats stratégiques et fédératifs, qui sont au niveau de la formation de structures communes, l’ISAE établit et développe de nombreux autres partenariats collaboratifs de manière à améliorer sa réactivité à l’émergence de nouvelles problématiques requérant de plus en plus l’intervention de partenaires de disciplines complémentaires.