Les organes de gouvernance de l'ISAE accordent une place privilégiée aux représentants du monde industriel, des établissements universitaires et des anciens élèves.
Les fonctions et organes statutaires de l’ISAE sont :
- un conseil d’administration qui définit la politique générale de l’institut,
- une direction comprenant un directeur général, un directeur adjoint, trois directeurs de formation, le directeur en charge de la recherche, le directeur des relations industrielles et internationales, le secrétaire général,
- un conseil de la formation et trois conseils de perfectionnement,
- un conseil de la recherche,
- un comité technique paritaire,
- un comité d’hygiène et de sécurité.
